وزارت بهداشت و خدمات انسانی هفت کمک هزینه فدرال را که از برنامه‌هایی با هدف کاهش مرگ‌های ناگهانی نوزادان، قرار گرفتن در معرض مواد قبل از تولد نوزادان، نقایص مادرزادی و مشکلات سلامت روان نوجوانان حمایت می‌کردند، پس از اینکه دریافت‌کننده کمک هزینه‌ها مکرراً از اعطای کمک هزینه‌ها به انجمن حرفه‌ای واکسن فدرال انتقاد کرده بود، لغو کرد.

که از منتقدان سرسخت وزیر بهداشت رابرت اف کندی جونیور بوده است، آکادمی با تلاش های آقای کندی برای اخراج مدیر مراکز کنترل و پیشگیری از بیماری ها به دلیل اختلاف نظر در مورد سیاست های واکسن و تصمیم او برای اخراج همه 17 عضو هیئت مشورتی تأثیرگذار در مورد ایمن سازی برای بازنگری سیاست واکسیناسیون ایالات متحده، مخالفت کرد. آقای کندی بعداً اعضایی را نصب کرد که با او در مورد واکسن شک داشتند.

بر اساس پایگاه داده کمک‌های مالی فدرال، هفت برنامه که کمک‌های مالی آنها لغو شد، حداقل 3 میلیون دلار در سال مالی 2025 دریافت کردند که در 30 سپتامبر به پایان رسید. آکادمی در آن دوره تقریباً 18 میلیون دلار از وزارت بهداشت دریافت کرد.

خبر کاهش بودجه پیش از این توسط واشنگتن پست گزارش شده بود.

مارک دل مونته، مدیر اجرایی آکادمی، در بیانیه‌ای گفت که «خروج ناگهانی بودجه» از طرح‌های بهداشتی کودک آن «مستقیماً بر خانواده‌ها، کودکان و خانواده‌هایشان در ایالات متحده تأثیر می‌گذارد و احتمالاً به شما آسیب می‌رساند». او افزود که آکادمی اطفال آمریکا در حال بررسی «توجه قانونی» برای توقف کاهش بودجه است.

آکادمی علنا از فشار وزیر کندی برای تغییر سیاست‌های واکسن، از جمله توصیه‌ها و برنامه‌های ایمن‌سازی، انتقاد کرده بود. آکادمی توصیه چند دهه ای مبنی بر واکسینه شدن همه نوزادان در برابر هپاتیت B را "غیر مسئولانه و عمدا گمراه کننده" خواند و گفت که این تصمیم به کودکان آسیب می رساند. هپاتیت B می تواند از مادر به نوزاد در حین زایمان منتقل شود و می تواند باعث بیماری های مزمن کبدی مانند سیروز یا سرطان شود.

در ماه ژوئیه، آکادمی به پنج سازمان پزشکی دیگر در شکایت از آقای کندی و وزارت بهداشت پس از C.D.C پیوست. توصیه واکسن‌های کووید را برای کودکان سالم و زنان باردار متوقف کرد.

وزارت بهداشت و خدمات انسانی در بیانیه‌ای ایمیلی تأیید کرد که کمک‌های مالی به آکادمی را لغو کرده است و گفت که این جوایز «دیگر با مأموریت یا اولویت‌های بخش همخوانی ندارند». اما به پرسش نیویورک تایمز در مورد اینکه این وزارتخانه چه تحقیق یا استفاده خاصی از بودجه را مشکل‌ساز تشخیص داده بود، پاسخی نداد.

در عوض، سخنگوی بخش، اندرو جی. نیکسون، پیوندهای وب را به گزارشی در مورد اولویت‌های این وزارتخانه ارائه کرد که در آن به گزارش کاخ سفید در مورد دستور کار «آمریکا دوباره سالم بسازیم» اشاره کرد. در این گزارش ها A.D.H.D. دارو، فلوراید در آب آشامیدنی، واکسن‌ها، میکروپلاستیک‌ها، غذاهای فرآوری‌شده و عدم فعالیت بدنی به‌عنوان عواملی که باعث بدتر شدن سلامت کودکان شده‌اند.